Es una especialidad cuya misión es curar las enfermedades o malformaciones, según corresponda, mediante intervenciones quirúrgicas.
El Servicio de Cirugía del Hospital Regional de Coyhaique cuenta con una alta dotación de médicos, quienes se han especializado en diversas intervenciones quirúrgicas, tales como cirugía vascular y cirugía plástica, entre otras.
El jefe de Cirugía es el doctor Pedro Pablo Pinto, quien cuenta con una subespecialidad en Cirugía de cabeza, cuello y maxilofacial, además de vasta experiencia en cirugía de mamas.
El Hospital Regional Coyhaique cuenta con un grupo de profesionales altamente calificados, tecnología de punta y pabellones equipados para realizar intervenciones de todo tipo.